Así, comenzó a funcionar de manera organizada y totalmente dependiente de la casa de estudios desde el 30 de agosto de 1927, cuando el entonces Rector, Monseñor Carlos Casanueva obtuvo los permisos para la utilización de Campos Sport de Ñuñoa para las actividades deportivas de la universidad.

Comenzó su participación en la Confederación Universitaria de Deportes (1928), compuesta además por la Universidad de Concepción, la Universidad Católica de Valparaíso y la Universidad de Chile.

El 19 de abril de 1937 la Universidad Católica de Chile logra afiliarse a la Asociación Central de Fútbol. Por este motivo, un grupo de estudiantes de dicha casa de estudios, se reunieron en una residencial de Santiago de Chile el 21 de abril de 1937 para discutir la organización de un club deportivo con personalidad legal. Esta sería la fecha oficial de fundación del club.

La rama de fútbol debutó oficialmente el 13 de junio de 1937 en la entonces Segunda División del fútbol profesional de Chile, en un partido contra Universidad de Chile, eterno rival del club de la franja, en el Estadio Militar.

A principios de los años 1980 comienzan a trasladarse algunas ramas de la institución al complejo deportivo de San Carlos de Apoquindo. La compra de los terrenos para dicho complejo fue gestada en los años 1960 por el presidente del club Manuel Vélez Samaniego. Al pasar los años, los terrenos adquirieron un valor muy superior al de compra, lo que provocó que la institución tuviera una gran solidez económica. Debido a esto, a principios de los años 1980 comienza la evaluación de un anhelado y viejo sueño: la construcción del Estadio San Carlos de Apoquindo.

La consolidación del club como institución provocó la necesidad de transformar al club deportivo en una entidad con personalidad jurídica propia, autonomía en la administración y en la gestión económica e independiente de la Universidad. Fue así como nace el 27 de enero de 1982 la Fundación Club Deportivo Universidad Católica, encabezada por su presidente Alfonso Swett Saavedra.